Не могу сейчас точно сказать. С базой проводилась куча манипуляций при обновлении:
Сначала было собственно обновление. Потом установка-удаление-установка расширений, которые никак не хотели вставать. В процессе поиска решения проблем с расширениями были попробованы прогон таблиц через STK в поисках "мусора" от модов, потом конвертация таблиц из MyISAM в InnoDB. Потом был импорт базы с локали на сервер, и тогда выяснилось, что если таблица phpbb_posts в InnoDB, то на нее не создаются поисковые индексы (валится ошибка о невозможности создать два индекса на таблицу). Пришлось искать, как руками решить эту проблему (
здесь описана проблема и решение). Где-то в любом из этих мест что-то могло произойти. Самым вероятным мне кажется момент с использованием STK и инструментом "исправление БД после обновления MySQL", но утверждать на 100% не могу.
Сейчас понимаю, что описание проблемы с тормозами без подачи этой информации было достаточно неразумным, но все эти операции совершенно вылетели у меня из головы, и только вопрос об индексе на конкретной таблице дал ход мысли.