И если да, подскажите как можно этого максимально избежать.
Помогает ли использование тегов:
Код: Выделить всё
?
Или может ХТМЛьный тег: rel=canonical лучше использовать?
Код: Выделить всё
?
Чтобы целиком весь сайт попал - это очень маловероятно. Скорее всего такого не будет. Только какие-то отдельные страницы могут быть не включены в поисковую выдачу.